Altyapısından son yıllarda Erhan Erentürk, Doğukan İnci, Ferdi Burgaz gibi birçok ismi yetiştiren, bu sezon da ara transferde adı Fenerbahçe, Trabzonspor ve Maribor'la anılan Adem Yeşilyurt, Selim Demirci, Berat Şahin gibi gençleri vitrine çıkaran Kaf-Kaf altyapı yapılanmasıyla başarılı oldu.
Altyapısında yetişen gençleri son yıllarda A takımda düzenli olarak forma giymeye başlayan Karşıyaka'da Tayfun Yungul başkanlığındaki futbol altyapısı liglerinde de iddialı durumda. Karşıyaka'nın TFF U17 Gelişim Ligi 7'nci Grup'ta yer alan 17 yaş takımı 50 puanla ikinci sırada liderlik mücadelesi veriyor. Kaf-Kaf'ın U16 Gelişim Ligi takımı ise yine 7'nci Grup'ta 49 puan ikinci basamakta yer alıyor.
