Eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'a, Fethullah Gülen yapılanmasının siyasi ayağının araştırılmasına ilişkin sözleri nedeniyle altı AKP milletvekilinin suç duyurusu üzerine açılan soruşturmada iddianame hazırlandı. Ankara Cumhuriyet Savcılığı, Başbuğ hakkında, 'kamu görevlilerine hakaret' suçundan 4 yıla kadar hapis cezası talep etti. Başbuğ, Ocak 2020'de Haber Global'de konuk olduğu programda, 26 Haziran 2009'da Meclis'ten geçirilen torba yasadaki 'asker kişilerin özel yetkili mahkemelerde yargılanması'na ilişkin maddeyi hatırlatmış ve şunları söylemişti: "FETÖ'nün siyasi ayağı yok dersek gerçeği inkar olur. Bunun yargının çıkarması ve siyasi iradenin ağırlığını koyması lazım. 26 Haziran 2009'da yasalar torba yasa olarak gündeme getiriliyor. Bu TSK ile ilgili bir kanun teklifi. Bu yasa 25 Haziran'ı 26'sına bağlayan gece yarısı oluyor. Bu yasa ile kimsenin haberi yok, biz bundan 26 Haziran sabahı 2009'daki toplantıda haberimiz oluyor. Bahsedilen yasa teklifi askeri şahıslar askeri mahalde işlediği suçlarda dahil özel yetkili mahkemelerde yargılanacak. Bu bir kere anayasaya aykırı. Bu tamamen ne için Dursun Çiçek için. Bu olay medyada "AK Parti ile cemaati bitirme planı" algısı olarak yapıldı. Sivil şahıslar her durumda askeri yerlerde yargılanmaz Özel yetkili mahkemelerde yargılanır. Kayseri'de biz bir olay yakalamıştık Hava İkmal Bölge Komutanlığı'nda astsubay yakaladık. Flaş bellek ayarlıyorlar. Burada sivillerden yardım alıyorlar. 14 Nisan 2009'da 'FETÖ ile mücadele edeceğim' dedim. Bu kanun teklifini kim hazırladı, tamamen FETÖ ile ilgili bu araştırılsın."